预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
首先肛瘘需要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激性的食物，刺激性的食物有可能会刺激肛门影响切口生长。再有需要养成良好的排便习惯，肛瘘术后病人，每天都要排便。适当参加体育锻炼，如散步、打太极拳等，避免久坐、久站。保持肛周清洁卫生，勤沐浴、勤换内裤，每日睡前或便后温水坐浴。
当肛瘘感染化脓时，可借用消毒的针头挑破外口，清除脓液，既可缓解胀痛，又能预防脓液向其它部位蔓延。当肛瘘的分泌物增多时，内裤要勤洗勤换、暴晒灭菌，亦可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。局部保养可常用清热解毒的中草药，煎汤外洗。
术后宜多食清淡饮食，宜多饮水。宜多食新鲜水果，以性味清凉为宜，如生梨、甘蔗、香蕉、荸荠等。宜多食含纤维素丰富的食物，如青菜、茭白等。忌吃虾、蟹等海鲜发物，煎炒炙烤、炒货均忌食。禁吃一切辛辣刺激性食物，如酒、葱、辣椒等。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
