主要有胚胎发育不全，内分泌功能失调，生殖器官疾病，孕妇全身性疾病，外伤，情绪急骤变化，胎盘发育不良，母儿血型不合等原因造成自然流产。在妊娠头两个月的流产中，约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致胚胎发育到一定程度而终止。
停孕后3-4天就会出现自然流产，这与生殖内分泌有关，在胚胎的早期发育阶段，雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素是三种激素水平。如果体内缺乏内源性荷尔蒙，就会引起胎儿的生长停滞。如果体内有某种抗体，就会影响到胎儿的发育，从而引起生殖免疫问题。如果是子宫出了问题，就不能怀孕了。染色体问题，包括夫妻双方、外界污染、辐射等。所以在怀孕之前要做好详细的孕前检查。
自然流产后同房时可能会怀孕的。
若是同房时没有采取避孕措施，则很可能会导致怀孕，通常不建议自然流产后一个月以内同房，因为过早同房可能导致女性有宫腔感染的情况，严重影响女性身体健康。若目前还没有生育需求的女性，建议在自然流产后一个月同房，采取科学的避孕措施，尽量避免在排卵期同房，怀孕的概率会相对较低。
怀孕以后出现的自然流产一般属于胚胎发育不好的情况，是人类进化自然过程适者生存的表现。自然流产后，阴道出血的时间一般不会超过10天，但是流血量会比正常来一次月经量要多。如果B超检查宫内干净，可不必处理。等下一次来月经之后，可以选择同房。但是同房期间需要采取避孕措施。自然流产以后，不要在第二个月就怀孕，最好是自然流产半年以后才准备怀疑，对女性身体都比较好。
自然流产是指没有人为干预而发生的流产，如果在怀孕之后采取了相应措施以及孕妇的孕囊发育出现了问题是不会出现自然流产症状的。如果胎儿出现染色体异常或者受到感染因素、免疫因素以及孕妇本身内分泌存在异常的状况，会导致有自然流产的现象发生。
通常情况下，没有早期怀孕怎么自然流产这一说法，早期怀孕的患者可以通过无痛人工流产术、药物流产等方式来流产。具体情况分析如下：
无痛人工流产术：无痛人工流产术一般是指在怀孕一周以内，用人工的方法加上静脉麻醉终止妊娠的手术流产，早期怀孕的患者一般可以通过负压吸引术、双腔减压无痛人流术等方式终止妊娠。
药物流产：药物流产一般是指在停经49天之内，早期怀孕的患者可以按照医嘱使用米非司酮片、米索前列醇片等药物进行流产，将妊娠组织排出体外。
