长期用浓盐水漱口会使口腔菌群失调，更易患牙周疾病。人体口腔里有正常的菌群，淡盐水漱口虽然有一定消炎、杀菌的作用，但如果长期用盐水漱口，会造成口腔内正常菌群的失调，不利于口腔健康。另外，长时间用盐水漱口，牙齿表面容易沉积色素与污垢，会引起或加重牙龈炎与牙周炎。据统计，平时喜吃咸食的人，牙周病的得病率非常高，牙齿容易松动，患高血压与心脏病的概率也高。不管是用清水，还是用盐水漱口，对暂时减少口腔细菌的数量是有效的，二者的功效没有哪些差异。建议在漱口时选择用水上一定要慎重，不是说用淡盐水漱口不好，需要适度，以防口腔出现其他问题。
拔牙24小时之内不允许漱口，因为刚拔完牙拔牙窝之内有出血，并且在拔牙窝有凝血块的存在，所以在拔牙24小时之内不允许漱口。拔牙24小时之后，因为有凝血块的稳定性，不容易被漱口液漱口漱出去的，所以24小时之后可以漱口。
盐水漱口是有一定的消炎功效的。主要的是可以使细菌脱水死亡，但是盐水的浓度要稍加控制，不可以用高浓度的盐水，因为长时间接触高浓度的盐水，也会使口腔内的正常细胞脱水死亡。所以可以使用淡盐水进行漱口，而且含漱的时间以10分钟为宜，而且在结束盐水漱口以后，一定要用清水进行漱口，防止口腔内正常细胞脱水。
感冒后往往合并咽炎，扁桃体炎，喉炎，所以耳鼻喉科的医生会让大家用淡盐水漱口，盐水有消炎，清洁杀毒作用，利于疾病恢复，漱口时，咽下一点也不会影响身体健康，平时要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，少吃辛辣刺激的食物，注意休息，少说话。
会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
