通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
不是由偏头痛引起的。偏头痛的临床症状是一侧或两侧太阳穴的悸动疼痛或针刺疼痛。考虑到头痛是由其他原因引起的，去医院做脑部检查。看看是不是因为颅内病变，肿瘤等。应该注意卧床休息和清淡饮食。
小儿头疼与原发性头疼综合症和继发体的病症有关，建议及时去医院就诊，明确具体情况，对症治疗。
原发头疼以偏头疼、神经痛及群聚头疼为特征。继发头疼一般与急性发热性病变、中枢神经系统感染、占位性病变等因素有关。而小儿头疼，一般都是因为一些比较严重的基础疾病，大部分都是因为病毒、上呼吸道感染等原因造成的，例如：流感，鼻炎，鼻窦炎等。
出现头痛需要进行休息进行缓解，适当进行头部按摩。需要到医院进行头部核磁检查。排除器质性病变，功能性头痛可以应用应急的头痛药进行辅助缓解，要注意补充身体营养。
儿童头疼，头晕，多见于感冒，上呼吸道感染多见，还有可能是脑膜炎。上呼吸道感染，基本诊断需要看口腔咽喉，同时抽血化验血常规，有必要听诊肺部，看是否有啰音，往往上呼吸道感染，伴有发热症状。
