新生儿败血症容易导致中枢神经系统感染或者坏死性小肠结肠炎。中枢神经系统感染可以并发脑室管膜炎、硬膜下积液、脑积水等，最终导致智力障碍、脑细胞坏死出现继发性癫痫、听力或者视力障碍、肢体运动障碍等后遗症。
一般来说，小儿败血症治疗后没有后遗症。具体分析如下：
小儿败血症如果能及时的进行有效的处理，就不会留下任何的后遗症。康复后就会和其他年龄的小孩一样。如果没有得到有效的处理，孩子还会有感染、脑膜炎、肺炎等严重的并发症，所以要尽早诊断和处理好小儿败血症。
家长应该让患儿多吃含钙丰富的食物，如奶制品、豆类、豆制品等，保持环境安静和室内空气新鲜，并注意休息，适当运动。
新生儿坏死性小肠结肠炎特征是在小肠远侧和近端处，常见的是早产婴儿和足月婴儿，男性多于女性。
一般在出生后2-3个星期内出现，首先是腹部肿胀，其次是恶心，其次是有胆汁或咖啡渣样物质；最后是大便和大便，可以是鲜血、果酱样和黑色，x光检查可以显示出小肠胀气，肠道形状坚硬，肠腔增粗，肠道腔内积气体，门脉气体。在进行治疗的时候一定要严格的禁食，在没有出现呕吐和腹痛症状的情况下，如果出现了进食的情况，就可以进行手术。
首先是禁食一旦发现立即禁食，轻者5～10天重者10～15天或更长，腹胀明显时给予胃肠减压，禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡营养支持，可根据培养药敏选择抗生素来抗感染，对症治疗。
新生儿败血症是由细菌感染引起的，其发生的时间不同，如果不能及时处理，会造成身体各个系统的损伤。新生儿败血症的发生是隐蔽的，早期的感染表现不明显，往往被父母忽略，到了医院就会出现严重的脓毒症，治疗起来比较困难，疗效也比较一般。所以，应尽早进行新生儿败血症的处理。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
一般来说，新生儿坏死性小肠结肠炎需要通过以下途径进行治疗。
出现新生儿坏死性小肠结肠炎的情况，一旦确诊应当给禁食，禁饮食期间还应当遵医嘱给予葡萄糖脂肪乳、氨基酸等药物进行静脉补液，从而帮助维持水电解质和酸碱平衡。然后在医生的指导下使用第三代头孢菌素进行治疗。对于病情较为严重，甚至出现休克组长的新生儿，还应当在医生的指导下使用血浆、低分子右旋糖酐等药物来输注平衡盐溶液液。对于出现穿孔腹膜炎的新生儿，还需要考虑进行手术。
