一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
一般情况下，对患有顽固性霉菌性阴道炎者，可综合应用各种治疗方法，并适当延长疗程。
可以使用红核洗液加妇炎洁洗液行外阴及阴道冲洗，必要时加用碘伏以保持阴道清洁，也可口服克霉唑栓剂作辅助治疗。对于患有慢性宫颈炎以及宫颈糜烂者，则需要对其采取物理性治疗，如红外线照射、紫外线辐射等。治疗过程中应避免同房，保持饮食清淡，并注意清洁卫生。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
禁止性生活，避免交叉感染，还有在饮食上忌辛辣刺激性食物和生冷凉性食物和油炸油腻食物，可以多吃新鲜蔬菜和水果，每天晚上用药物清洗阴道然后上药，治疗两个疗程后回去复查是否好转。
保持外阴清洁、干燥，避免搔抓，不食用辛辣刺激性食品，勤换内裤，用温水洗涤，注意个人清洁卫生，防止致病菌侵袭，杜绝传染源，增强体质，预防复发，治疗期间禁止同房，如果有不适就要及时治疗。
如果不注意阴部卫生或者性生活卫生，或者自身抵抗力下降，会导致阴道炎的反复发作。首先要注意阴部卫生，避免长期使用清洗液，忌食辛辣刺激之品；注意休息，避免劳累，增强抵抗力。
