小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
腹泻婴儿可分为两类，即感染性肠炎和消化不良。首先，你需要去医院做常规大便检查。如果大便有炎症，你应该考虑肠炎并使用抗炎药物来控制感染。如果婴儿年龄较小，且反复肠炎，也应考虑乳糖不耐受或肠道过敏的可能性。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
腹泻可以导致脱水，电解质紊乱等情况，脑电图，头颅CT检查正常，考虑是剧烈腹泻以后电解质紊乱，低钙血症等引起的抽搐，尽快去专业的医院儿科急诊就诊，检查原因，积极治疗。
肠道内感染，可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。肠道外感染，有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。
婴儿腹泻的原因多种多样，常见原因如下：母乳营养成分较高，超过婴儿正常营养需求，出现腹泻。如果不采用适当的饲养方法，则给婴儿带来的饵料的量过多，或者量过少时，有可能引起腹泻。婴儿消化系统发育不良时，消化酶分泌量减少，活力下降，如果大量摄取营养，消化道的负担就会变大，引起腹泻。