小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
肠道内感染，可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。肠道外感染，有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。
儿童秋季腹泻的处理方法如下：
1、对因处理：秋季腹泻主要由轮状病毒感染引起，所以对因治疗并不需要特别处理，也不需要给孩子使用抗病毒药或者抗生素，这些药物对缩短孩子的病情没有任何帮助，只需要等待病毒感染的自然病程就可以了，大部分孩子秋季腹泻病毒感染的自然病程一般在1-2周左右；
2、对症治疗：秋季腹泻主要表现为腹泻，腹泻次数多，量大，每次大便的水分多，秋季腹泻的孩子容易出现脱水的症状，可以给孩子服用蒙脱石散、益生菌、锌制剂等，帮助孩子调整大便性状，减少腹泻和水分的丢失。另外还要保证孩子的摄入量，避免脱水。如果孩子已经出现脱水的症状，比如精神反应差、少尿、无尿、哭时没有眼泪、前突凹陷等症状，一定要及时到医院进行静脉补液治疗。脱水对孩子的影响要比腹泻严重，因此应积极预防脱水，出现脱水时应及时治疗。
儿童腹泻应该做粪便常规检查、血清学检、免疫球蛋白测定等检查。
需进行粪便的细菌培养及病毒的检测。诊断是否存在肠道感染。可通过X光线，检查肠粘膜是否有损伤，病变的部位，肠壁是否有增厚；诊断肠息肉、肠肿瘤等疾病，可帮助判断外科手术的范围和手术方式。对肠道中的细菌进行检测，以了解疾病的种类，对疾病的诊断和治疗效果有很大的帮助。能在轮状病毒感染的诊断中起到一定作用。在鉴定细菌的类型、尤其是鉴定痢疾杆菌、大肠埃希氏菌等有一定帮助。另外，细菌的培养也可帮助我们了解肠道感染的病原体是否会对药产生过敏反应最后，可测定血清中的免疫球蛋白A、IgG、补体C3、C4含量，从而全面了解儿童腹泻病因，以便对症用药。
