艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
肾囊肿的药物治疗，目前来说没有什么特效药针对肾囊肿让囊肿不长或者是消失。主要还是因为肾囊肿它主要是肾小管憩室形成的，跟年龄相关，可能是属于退行性的改变。而且肾囊肿它对身体没有什么太大的影响，即使是肾脏中有几个，两个、三个，甚至是五个、十个的小囊肿，它对肾功能以及生活都不会造成任何影响。
肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
出现肾囊肿之后可以采取中药调理，中药调理可以帮助更好的治疗，但是不能够起到完全恢复的效果，因为出现是那种属于慢性疾病，这个阶段吃中药不能够帮助恢复，如果想要恢复，还应该到医院检查治疗，然后做手术进行改善。
肾囊肿和肾结石两个疾病的治疗方式有一定的差别。肾结石可以吃一些药物来治疗，药物治疗效果不好的时候，也可以通过手术的方式来碎石，肾囊肿必须要通过手术的方式来治疗。
肾囊肿如果体积较小可以不必特殊治疗，定期随访观察即可，体积较大对肾功能造成影响需进行手术治疗。如果不及时治疗，囊肿可能会随着时间的推移而长大，并且生长的囊肿会压迫肾脏并导致肾脏损伤。
