卵巢囊肿大多并不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕。引起不孕的原因有很多，男方有精子成活率低、输精管堵塞等会引起不孕，女方有妇科感染、不排卵、输卵管不通、抗精子抗体阳性等可能会引起不孕。
卵巢小囊肿并不影响受孕，有正常性生活，未避孕，一年未孕，诊断为不孕，曾经怀孕过属于继发不孕。女方月经二到五天抽血查激素六项，月经第十一天开始通过阴超监测是否正常排卵，月经干净三到七天做输卵管造影看看输卵管是否通。
卵巢囊肿是有可能影响怀孕的，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，当卵巢受到破坏时是会造成不育的，如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的治疗。
卵巢囊肿有生理性的和病理性的囊肿，生理性的对健康和怀孕影响不大，病理性的是可能需要卵巢功能和怀孕。建议卵巢囊肿首先需要结合妇科检查，b超检查，以及月经史判断是否生理性的，生理性的囊肿不需要治疗，病理性需要结合囊肿大小采取药物或手术治疗。
一般情况下，左侧卵巢囊肿是否会不孕需根据实际情况来判断，具体内容如下：
彩超显示有卵巢囊肿是左边的，要看囊肿的大小和类型。女性在女性体内排卵后，左侧卵巢囊肿低于三公分，一般不会对妊娠造成什么不良反应。如果是左边的卵巢有不规则的回音，或是出现了分格，又或是进行性的痛经，那么就需要怀疑是巧克力囊肿的表现。
一侧卵巢囊肿通常不会不孕。
女性生殖器官的肿瘤是卵巢囊肿，与生活不规律、经常性熬夜、内分泌紊乱等原因引起的，但是并不会对女性的生理周期和排卵造成一定的负面影响。需要注意的是，在怀孕期间出现了卵巢囊肿，需要在主治医师的指导下进行治疗，等病情完全稳定之后才能生育，可以口服药物联合微波局部理疗，也可以考虑外科手术，否则怀孕时囊肿会变得越来越大，从而导致怀孕。
