巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
得了巧克力囊肿，应该及时到医院检查并采用相应的治疗方法进行治疗，比如可以采用药物或手术治疗，及时缓解症状，治好了巧克力囊肿，食欲自然会变好的。但是也可以吃中药进行调理，提高食欲。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
确实和巧克力囊肿有关。巧克力囊肿是造成不孕的主要原因。吃药和手术均不是最理想的治疗方法，治疗巧囊比较好的方法是在超声引导下的细针穿刺中药硬化剂的方法，可避免囊液外流的问题，确保了不会复发。不手术，对卵巢功能不受任何影响，这种方法治疗后，不影响以后怀孕，是目前治疗巧囊的较好的方法。
