胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
先兆流产原因男方可以查染色体、染色体断裂率、精子DNA完整率、精液分析、抗精子抗体、优生四项、支原体、衣原体、血型等。女方要查：染色体、染色体断裂率、优生四项、免疫、支原体、衣原体、内分泌六项、白带常规、封闭抗体、血型等。
先兆流产原因：孕妇方面：包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等，孕妇感染性疾病，毒性物质接触及生殖道畸形如双子宫，子宫肌瘤等均易导致先兆流产。胎儿方面的因素：则最突出的是受精卵的染色体异常，父体或母体生殖细胞不健全是主要原因，其他原因如脐带供氧不足，羊水疾病，胎盘病毒感染以及某些妇科炎症等，也会引起流产。外环境因素：不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
孕妇的感染病、高烧、严重贫血、严重营养不良、放射性、有毒物质接触和生殖道畸形如双子宫、子宫肌瘤等易导致先兆流产。引起先兆流产的原因是比较多的，比较常见的是因为在怀孕早期孕妇体内孕酮低引起的。另一个比较常见的原因就是因为胚胎发育不良导致的自然淘汰。
先兆流产的原因：细菌感染，外伤，精神因素，性交都可能导致先兆流产，如果出现，应该到医院就诊，同时注意休息，应当减少活动，吃点温和的营养品，情绪放松，不可吃生冷辛辣的食物，若是身体出现明显不适疼痛或是阴道流血多时都是可以在医院保胎治疗的。