一般来说，打乙脑疫苗后发烧39度的原因如下：
疫苗的副作用可能会导致患者出现打乙脑疫苗后发烧39度的情况。正常情况下，发烧症状的时间不会持续太久，基本会在3天内缓解。口服布洛芬混悬液，多喝温水以及温水擦拭身体的物理降温方式都可以有效改善症状。
日常生活中，患者应注意多休息，避免过度劳累，保持心态平和，不要有太大的精神压力，还要注意个人饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，有利于身体恢复。
国疫苗类的制剂都是生物制剂，所以注射后是会出现发烧、过敏等副作用的，宝宝的体温超过三十八度五口服药物控制体温，但如果持续时间长或口服退烧药物无法控制体温，再去检查。
一般情况下，宝宝接种了疫苗之后会发热，要根据发热的具体情况进行分析，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕等，可以考虑是上呼吸道的疾病，可以口服小儿氨酚黄那敏颗粒、小儿头孢克肟、鲜竹沥口服液等药物进行治疗；宝宝出现腹泻、呕吐等症状时，可以口服妈咪爱、蒙脱石散、乳酸菌素片等药物进行治疗。体温38.5摄氏度以上要吃退烧药，没有明显的表现，可能是因为打了一针流感引起的发热，可进行物理降温。
乙脑减毒活疫苗后发烧可以采用物理降温，额头可以贴退热贴，用温水擦洗腋窝、前胸后背以及腘窝等部位，帮助散热退烧，也可采用药物降温，发烧期间注意休息，多饮温水。
孩子打了乙脑减毒活疫苗以后出现发热，是比较常见的减毒活疫苗接种后反应。家长不要过于惊慌，具体如何处理，要看孩子发热的程度，体温高到多少度，有没有合并其他的严重不良反应。如果孩子的体温超过38.5℃以上，同时有严重的恶心、呕吐，全身皮疹，甚至出现了血管源性水肿以及过敏性休克的情况，要尽快到当地医院的儿科进行抗过敏治疗。
小孩发烧停止以后出现了疹子，考虑有可能是幼儿急疹，特别是两岁以下的孩子，幼儿急疹更常见。幼儿急疹的特点就是热退诊出发烧时间可能会再3~5天，烧退了以后，24小时以内会逐渐出现全身性的红色皮疹。
