是会萎缩的。巧克力囊肿，绝经后受体内激素影响，子宫萎缩，巧克力囊肿也会随之萎缩，定期复查就可以了。精神放松，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃含激素的食物，可以用药物进行治疗，也可以配合中药，进行治疗。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕，需要及时治疗，而巧克力囊肿手术可以在月经干净后3天以后进行手术治疗。
卵巢囊肿越早治疗，效果越好。对于卵巢囊肿的治疗，可采取中医保守治疗，也可通过手术治疗。手术治疗的效果比较理想，一般要忍受很大的痛苦，而且很多女性还有生育需求，因此会担心手术后卵巢功能受损，影响正常受孕。
闭经会可能会慢慢消失的，巧克力囊肿的形成主要是子宫内膜异位，来月经时异位的内膜也引起出血，出血多了就形成了囊肿。绝经后不再出血有可能被慢慢吸收，囊肿消失的。巧克力囊肿会引发痛经。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上的一种病变，渐进性痛是此病的主要症状之一。
首先肯定的是巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。如果发生，那么可采用手术治疗。保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
