它主要是一种手术，如前后纵向切开或交叉切开，切断膜，然后伸出食指扩张，如果只有肛门膜被覆盖。如果有纤维带，它可以被切断。如果肛门膜较厚，可以切开皮肤和直肠，并且可以拉动直肠粘膜下层并将其与皮肤缝合。手术后，肛门每周扩张2-3次，直到肛门没有狭窄。
根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
先天性低位肛门闭锁是小儿常见的直肠肛门发育畸形。以往对于不合并瘘管的肛门闭锁常规采用原位“X”切开，而对于合并皮肤病或外阴瘘者则多采用肛门后切术或V形肛门成形术进行治疗。
儿童被诊断为先天性肛门闭锁，父母不应慌张，必须尽快手术，使粪便能排出体外，不影响儿童的生长发育，需到市级以上医院进行外科治疗。所以需要服从医生的治疗计划，积极配合治疗。
先天性肛门闭锁属于一种先天性的消化系统发育畸形，会影响孩子粪便的排出，不及时处理就会造成孩子死亡。病人应该及时到正规的公立医院进行检查，可以采取手术的方法进行矫正治疗。如果孩子体质较弱，也可以先行肠造瘘手术治疗。
先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
