临床上医治口腔发炎一般以局部医治为主，病情较重、复发间隔短的患者可以考虑结合全身用药。局部医治以消炎止痛、促进愈合、防止感染为主。另外还有一些贴膜含有麻醉剂、皮质激素等药物，既能消炎还能止痛。
口腔炎治疗可以用双氧水和盐水漱口，最后一次要用盐水漱口，在溃烂的口腔黏膜上外用碘甘油涂抹。保持好口腔卫生，才能控制炎症。另外，还可能需要配合进行全身的抗炎治疗。
口腔炎症就是俗称的口腔溃疡，口腔溃疡的早期症状就是红肿疼痛，有疱疹，后期会发生溃疡糜烂，淋巴结肿大，有的病人会发烧，出现脱水和酸中毒，口腔溃疡具有自限性，一般一周左右即可自行痊愈，可以保守治疗。
口腔炎有可能是由于局部受到细菌感染导致的，可以服用药物进行治疗，适当的可以使用淡盐水进行漱口。其次口腔炎治疗还可以用西红柿：西红柿汁含口中，每次含数分钟，一日多次。
疱疹性口腔炎可能会传染。
疱疹性咽峡炎、疱疹性口腔炎、手足口病都是由病毒感染引起的，病毒一般以肠道病毒为主，临床上很难鉴别，需要通过病毒抗体进行鉴别。这种病毒感染引起的疾病具有传染性，需要进行抗病毒治疗和对症治疗。注意口腔卫生，饮食清淡，多喝水，一般一周左右即可痊愈。如果持续高热或者精神状态不佳，建议患者及时就医。
疼痛期主要表现为牙痛，咽痛和口腔溃疡。
水泡期口腔黏膜的任何区域均可出现簇状小水泡，仿佛针头那么大，尤其在乳磨牙龈缘附近更甚，泡壁通透，粉碎后形成浅表溃疡。溃破后有少量脓性分泌物流出，疼痛难忍。糜烂期时水泡少，而汇集成簇、溃破后则可造成大范围糜烂。恢复期，在口腔溃疡和粘膜充血水肿消退后，复盖一层淡红色或白色假膜。愈合期全程需7~10天，糜烂面渐渐萎缩痊愈。
