口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡的发生与免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，7-10天可以恢复，多吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力可以减少口腔溃疡的发生。反复发生的口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，不要吃刺激的食物。
口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
总口腔溃疡可能是却维生素和微量元素，免疫力低下，经常熬夜，精神压力大等，都容易引起口腔溃疡。口腔溃疡有自限性，一般两周后会慢慢自行愈合。在日常生活中要多吃一些含维生素高的瓜果、蔬菜、粗粮等来补充身体所需的维生素。
经常性口腔溃疡的原因是缺乏维生素或微量元素缺乏、营养不良、吃油腻油炸、辛辣刺激性食物导致上火出现口腔溃疡或者是长期服用西药时间长，容易产生副作用和抗药性，不重视口腔溃疡，没有注意饮食和口腔卫生问题，导致口腔溃疡。
复发性口腔溃疡的主要病因并不明确，但是科学文献证明，它与以下几种原因存在相关性：1、与患者的精神因素有关，如果患者的心态不好、工作压力大、心理负担重，很有可能会患上这一类的疾病。2、与患者的休息有关，如果患者的工作繁忙、睡眠不足，很有可能导致这类疾病的发生。