会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
长期用浓盐水漱口会使口腔菌群失调，更易患牙周疾病。人体口腔里有正常的菌群，淡盐水漱口虽然有一定消炎、杀菌的作用，但如果长期用盐水漱口，会造成口腔内正常菌群的失调，不利于口腔健康。另外，长时间用盐水漱口，牙齿表面容易沉积色素与污垢，会引起或加重牙龈炎与牙周炎。据统计，平时喜吃咸食的人，牙周病的得病率非常高，牙齿容易松动，患高血压与心脏病的概率也高。不管是用清水，还是用盐水漱口，对暂时减少口腔细菌的数量是有效的，二者的功效没有哪些差异。建议在漱口时选择用水上一定要慎重，不是说用淡盐水漱口不好，需要适度，以防口腔出现其他问题。
盐水漱口是有一定的消炎功效的。主要的是可以使细菌脱水死亡，但是盐水的浓度要稍加控制，不可以用高浓度的盐水，因为长时间接触高浓度的盐水，也会使口腔内的正常细胞脱水死亡。所以可以使用淡盐水进行漱口，而且含漱的时间以10分钟为宜，而且在结束盐水漱口以后，一定要用清水进行漱口，防止口腔内正常细胞脱水。
可以清洁口腔，清口气，防止牙周疾病缓解口渴，针对性地应用漱口水可预防和控制牙周的炎症；牙周病患者接受了洁齿、牙周手术等牙周专业治疗之后，漱口水可巩固和维持疗效。
