最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
这种药物是由氨基葡萄糖以及硫酸软骨素钙两种药物结合而成。这些药物能够促进关节软骨的再生，减少关节软骨的损伤，促进关节软骨分泌关节滑液，并且能够有效的消除引起局部疼痛的炎症致病因子，从而有效的缓解膝关节以及全身多处关节的骨性关节炎症。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。
这种药物价格在200元-300元左右，是治疗高血脂症的一个药物，可以用于预防和治疗冠心病、动脉粥样硬化、心绞痛、心肌缺血等，能够显著的降低血液胆固醇，防止动脉粥样硬化的形成。对于慢性肾炎和慢性肝炎的病人有辅助治疗作用。
硫酸软骨素和盐酸软骨素都属于保健品类别，其用于改善骨密度。不仅可以补充软骨素，还可以改善骨骼和关节活动。多用硫酸软骨素，主要是因为硫酸软骨素比盐酸软骨素更容易吸收，吸收的更好一些。
硫酸软骨素用于治疗神经痛、神经性偏头痛、腹腔手术后疼痛等。具有止痛，促进软骨再生的功效，可以从根本改善关节问题，预防和治疗链霉素引起的听觉障碍以及各种噪音引起的听觉困难、耳鸣症等，效果显著。
