一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
两岁宝宝发烧39℃可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚等退热药，同时补充液体量，多喝温热水。
除此之外，家长也可以给宝宝做物理降温，用温水擦拭颈部，腋下，腹股沟等大血管走行的部位能够帮助退烧，同时可以贴退热贴，但是不建议给孩子用酒精擦拭退热，因为酒精可以通过皮肤吸收，影响孩子对抗生素的使用同时，酒精吸收以后会对孩子的肝脏和肾脏产生毒性作用。
两岁半小孩发烧到39摄氏度，属于高烧的情况，可以通过以下方法进行治疗：
首先，家长需要给宝宝口服退热药，降低高烧的持续时间，如小儿柴胡口服液、对乙酰氨基酚、布洛芬等。家长也要注意用药时间的间隔，不可短时间内重复使用。如果小孩的高热持续不退，就需要到医院就诊，查明发烧的原因后，再对症进行治疗。
持续的高热容易引起小儿高热惊厥，家长一定要引起高重视。
立刻给孩子服用退热的药物来进行退烧。这个时候服用退热药，可以给孩子迅速地降低体温，减少孩子的不舒服感。另外，还可以预防高热惊厥的发生。高热惊厥一旦发生，会对孩子的脑细胞产生一些不可逆的损伤。
一般来说，孩子发烧39度是高热，可以通过服用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物来进行治疗，同时还要注意多饮水，多补充水分，以帮助身体表面的热量。还要注意孩子有没有出现发烧的情况。发烧一般是由细菌、病毒、支原体等引起的。因此要做好血常规、C反应蛋白、支原体等方面的检测，才能进行合理的用药。如果是单纯的病毒感染，一般不会进行特别的抗菌治疗。
此外，注意给孩子适当的补充一些水分，以免出现脱水的情况。
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