一般情况下，婴儿注射红霉素，可能会有胃肠道反应、引起过敏反应、造成肝脏损害等副作用。
注射用红霉素是一种抑菌抗生素，属于大环内酯类抗生素，有一定的副作用。其比较常见的副作用就是胃肠道反应，可能会出现食欲下降、恶心、呕吐、腹部不适、腹泻等症状如果婴儿对该药过敏，还可能引起过敏反应，从而引起荨麻疹、药物热等现象；如果家长擅自给婴儿使用较大剂量的婴儿注射红霉素，且使用的时间比较久，可能会造成肝肾功能损害。
胰岛素可以降低人体的血糖，也是唯一有此功能的激素，它是一种蛋白类的激素。如果使用胰岛素剂量过大，会出现低血糖的症状，比如头晕、乏力、出虚汗、心慌等；会使体重有所增加，这是它常见的不良反应；如果使用的是动物胰岛素，注射部位会出现脂肪萎缩；长期使用胰岛素会导致身体出现水肿；部分患者可能会出现过敏，全身或者局部都有可能。
黑素是一种激素，长期、大量、不按规范服用可能会导致内分泌失调；长期服用褪黑素可能会引起白天嗜睡、头痛、头晕等现象。极少数情况下会出现腹部不适、轻度焦虑、易怒、过敏、思维混乱和持续沮丧的情况。
部分人对有些种类的抗生素有过敏反应，轻者会出现发热、皮疹、恶心、呕吐等过敏症状，严重可导致呼吸困难、休克甚至死亡等严重的副作用。多种抗生素都有毒副作用，过量使用可导致耳聋、白细胞减少、再生障碍性贫血、神经系统损伤等毒副作用。
一般情况下，宝宝长期服用制霉菌素有副作用。
制霉菌素主要用于消化道念珠菌肠炎和口腔念珠菌感染，宝宝长期服用制霉菌素的副作用，常见有恶心、呕吐、腹泻等消化道症状，还可能引起过敏性皮疹，长期服用还可能导致宝宝出现低血钾、肾功能损害、肝功能损害等情况。一般不推荐5岁以下的孩子口服制霉菌素。对于有鹅口疮的患儿，使用剂量小、外用，所以可用于新生儿。
