自闭症可能是由生理因素形成，如神经机能发展，生化机能发展，遗传因素或脑部受损所致。妇女怀孕期间可能因德国麻疹或风疹，使胎儿的脑部发育受损而导致自闭症。新陈代谢疾病亦会造成脑细胞功能失调，影响脑神经传递信息的功能，因而造成自闭症。还有，在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成婴儿大脑发育不全，早产，难产，新生儿脑部受伤，以及在婴儿期患上脑炎，脑膜炎等疾病造成脑部伤害，都可能会增加罹患自闭症的机会。
早期治疗：孤独症的实质的损害是认知障碍，表现在早期的分享性注意和扮演行为上。心里治疗：其业余活动面或活动内容也是有限制的，不会做建设性的决策或提建设性意见。
一般情况下，小孩自闭症指的是小儿自闭症，其原因尚不清楚。可能与基因、神经系统等有关，具体分析如下：
1、基因：常染色体显著性基因也是导致其发生的原因之一。此外，一些自闭症儿童还出现了一些染色体不正常的情况，其主要特征是：染色体断裂。
2、神经系统：，一些儿童自闭症患者的大脑和大脑的生理和心理都发生了变化；
3、孩子妈妈怀孕时有可能受到某些疾病的影响。
目前，自闭症被认为是一种由各种生理原因造成的普遍的发展失调所造成的一种不正常的表现。
治疗现在也没有特殊的办法，现在干预方法不少但没有非常效果。都是通过干预训练的方式，找专门的大夫，需要进行系统训练。不系统就更难达到效果。平时要对孩子多一点耐心，经常给孩子讲故事，多带孩子出去接触一些新的事物。
与神经系统的发育有关，比如进行功能性磁共振检查，可发现自闭症孩子的大脑某些功能区发育的不是很好，比如额区、颞区，或者杏仁核，海马回等大脑的边缘系统，即与人类情绪有关的区域发育有异常。与围产期的高危因素有关，比如在围产期，就是怀孕或出生的时候有感染，这些孩子发生自闭症的几率会增高。
