应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘术后应注意休息，忌食辛辣厚味食物，以营养丰富易于消化食物为宜，如牛奶，鸡蛋，青菜，水果等。多吃含优质蛋白质、维生素C、E，蛋白质是人体除骨骼外的构成成分，VC+蛋白质是形成血红蛋白皮肤的主要成分，VE可以帮助伤口更好的愈合不易留下太大的伤痕。
中医是可以治好肛瘘的，肛瘘的挂线疗法，也就是中医的一个治疗方法，平时也要注意形成便秘，以免加重肛瘘的发生，要采用口服抗生素来进行治疗，加强营养，高蛋白饮食，多吃维生素含量比较高的食品，多吃新鲜的水果蔬菜在治疗期间一般是要多休息，多喝水。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
肛瘘就是肛管与肛门周围皮肤相通的感染性瘘管，常为肛管直肠周围脓肿的后遗症，可久治不愈或间歇性发作。如果外口暂时封闭会有局部红，肿，热，痛。破溃后流脓血。经常肛周瘙痒，有的伴有湿疹。
