巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
保守性手术和半保守手术：前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢。假孕疗法应用孕激素类药物，口服的主要有安宫黄体酮、普维拉、内美通等，肌注的有己酸孕酮。至少持续6个月。
麻醉成功之后，会在肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况，找到巧克力囊肿，将其提起。先进行穿刺，将囊肿里面的液体引流，再将囊肿里面血液冲刷，之后进行巧克力囊肿的剥离。剥离之后再进行缝合和止血。缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗。再检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。
子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆粘膜以外的部位，并引起的一系列症状和体征者。病人常主诉不孕、痛经及盆腔疼痛而就诊。到大医院治子宫内膜异位，多见于生育年龄妇女，以30~40岁妇女居多。该病多表现为痛经和持续下腹痛、月经失调、不孕、性交痛及其它特有症状，如腹泻、便秘、腹部肿块等。
目前腹腔镜手术视野甚至比开腹手术好，可以到达很多开腹手术难以到达的部位。以前开腹手术比如宫颈癌手术闭孔神经下方，是手术的相对禁区，现在随着腹腔镜手术的开展，这个禁区早已不复存在。宫颈癌、子宫内膜癌、早期卵巢癌这一类手术，甚至外阴癌手术，都可以通过腹腔镜切除干净。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
