一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
两岁宝宝晚上发烧，需要视情况而定。
如果发烧不高于38°，注意多饮水，继续观察；如果发烧超过38°5摄氏度，就需要及时给予物理降温，及退烧药物治疗，亦可以使用退烧贴或退热栓。此外还要及时补充水分，防止因高烧引起脱水症的发生，通过补水还可以促进退烧。其次时查找发烧的原因，可能是病毒、细菌或支原体衣原体等引起的上呼吸道感染、支气管炎、肺炎等。也要考虑尿路感染、血液疾病等因素。发烧是细菌感染者建议患者服用头孢类抗生素，支原体衣原体感染者服用阿奇霉素、罗红霉素等。
宝宝半夜发热全身发烫，要注意监测体温，注意观察宝宝精神状态。如果体温大于38.5度，3月龄以上宝宝可以给口服退热药，如果体温不高于38.5度，可以给宝宝贴退热贴，发热的宝宝一定要多喝些温开水。一定要及时到医院查明发热病因积极对因治疗。
小孩半夜发烧，需要使用毛巾沾冷水冷敷额头，同时用温水擦拭腋窝、大腿根、前胸后背等处，及时去医院检查血常规，可以确定是细菌还是病毒感染引起的发烧，合理使用药物，如果是细菌感染，需要使用消炎药。
孩子半夜发烧，如果哭了又哭，可能感冒了。可以观察到宝宝有任何不舒服的症状，如果打喷嚏、流鼻涕，可以采取感冒药治疗；如果咳嗽和咳痰，使用药物治疗。如果腹泻，可以给宝宝一些消化药物，并在腹部热敷。
先要确定是感染性腹泻还是非感染性腹泻，建议做大便常规检查，确定大便中有没有白细胞。如果是有白细胞，就考虑感染性腹泻。如果没有白细胞，就是非感染性腹泻可能。
