原因是血栓性疾病，如脑血栓、冠心病、下肢静脉血栓等。同时在形成血栓前的状态，也会出现活化部分凝血酶原时间偏低。活化部分凝血酶原时间，是反映内源性凝血途径的指标。
活化部分凝血酶原时间偏高可能是参与内源性凝血因子的缺乏，如因子12，11，9，8，10，5，2和纤维蛋白原等。也可见于严重肝病如肝硬化或维生素K缺乏症病人，应用肝素或血液中出现了抗凝物质，活化部分凝血酶原时间也会偏高。
部分凝血酶原时间偏低，常见的原因是血栓性疾病，如脑血栓、冠心病、下肢静脉血栓等。在形成血栓前的状态，也会出现活化部分凝血酶原时间偏低。应通过口服抗凝类药物进行治疗。
一般情况下，出现血栓不会导致凝血酶原时间高。具体情况分析如下：
凝血酶原时间是反映外源性凝血是否正常的，由于血栓会导致凝血酶原时间下降，体内环境处于高凝状态，此时不能及时的进行治疗，会导致血栓的体积增大，病情也会逐渐加重。如果凝血酶原时间过长，就会造成体内的凝血因子不足，或是体内使用了肝素类的抗凝药物。
活化部分凝血活酶时间偏低，往往提示机体处于高凝状态。如果有高血压，糖尿病或者是高脂血症的，或者是恶性肿瘤的，同时伴有血小板升高，提示血栓形成的风险是比较大的，应该给予抗血小板聚集，或者是应用低分子肝素预防性抗凝治疗。活化部分凝血活酶时间偏低的不是很多，因此要注意复查血凝，防止误差。
血栓形成一般不会引起凝血酶原时间增加，一般只会引起凝血酶原时间缩短。
凝血酶原时间延长多见于先天性凝血因子缺乏、纤维蛋白原异常和DIC，包括急慢性肝病、原发性纤溶亢进、梗阻性黄疸、维生素K缺乏等。
但在血栓治疗中，使用抗凝剂或溶栓剂，会导致凝血酶原时间延长。对于有血栓形成的患者，如果在未抗凝溶栓的情况下，凝血酶原时间延长，应积极查找凝血酶原时间延长的原因，以进一步诊断疾病。
