保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾是一种遗传性疾病，根本是基因性疾病，无法从基本上治好。多囊肾常伴有多囊肝，多囊胰腺，有部分人伴有蛛网膜下腔囊肿。主要表现为高血压，腹胀，很多人有血清肌酐升高。主要是对症治疗，降压，排毒治疗是主要的治疗方法。如果多囊肾囊肿多大，出现症状，可以采取外科治疗。
多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
多囊肾是一种遗传性的肾脏疾病，发病的年龄大多是在30—50岁之间。多囊肾早期如果没有影响肾功能，是不需要特殊治疗，可以定期复查肾功能和肾脏彩超，吃些保肾的药物。如果病情比较严重，可以采取减压术或引流术来进行治疗。
有多囊肾可以药物治疗。多囊肾是一种家族遗传性疾病，所以家族内有人被诊断多囊肾后，可以把家族内所有成员均进行彩超的初步检查，明确是否存在多囊肾的情况。多囊肾的病人通常在中年左右进入到肾衰阶段，所以早期的监控很重要。
