可以根据先看囊肿大小，或许可以先开刀彻底切除囊肿，另外少吃补品类食物，避免囊肿增大。象是豆类，含有雌激素类的就要避免。也可在月经来潮期，多喝热红糖水。缓解痛经现象。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
