早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿逐渐长大后，挤压不破的情况下，可以根据自身情况，如果影响日常生活，可以到医院做手术切除囊肿，也是有一定的复发率。
对于体表的囊肿，可以选择手术切除的方法，通常是在局部麻醉下进行手术操作，发生于甲状腺的囊肿，如果逐渐增大，会出现气管受压，病人也会出现吞咽食物时明显的不适感，可以选择开放手术，或者是进行射频消融治疗等，让囊肿逐渐萎缩。
具体看女性是哪个部位的囊肿，有卵巢囊肿和宫颈囊肿，一般囊肿不会影响妊娠，如果卵巢囊肿很大，可以怀孕和分娩剖宫产进行囊肿切除治疗，如果不是大囊肿，第一次观察不影响妊娠。宫颈囊肿是慢性炎症。症状不影响怀孕。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
肝囊肿消除可以通过手术来切除肝囊肿。肝囊肿在临床上也是非常常见的疾病，单纯的肝囊肿是先天性、非遗传性肝内囊性病变。出现这样的疾病，通常在很长一段时间里不会有明显的症状。
进行药物流产一个月也可能会查出卵巢囊肿，但是这种囊肿有可能是生理性囊肿。所说的生理性囊肿就是指在月经的后半期排卵之后，由部分黄体形成的，若黄体没有正常萎缩，通过B超检查就会发现有卵巢囊肿。这种情况下，绝大部分囊肿的直径会小于5公分，并且在月经干净以后会明显缩小或者是消失，临床上不用给予相应的处理。如果卵巢囊肿在月经之后没有缩小或者是没有消失，建议继续检查，也可能是病理性囊肿。如果出现病理性囊肿且直径大于5公分的情况下，建议进行手术治疗。
