治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
中医不能治疗肺脓肿。肺脓肿是由肺部组织坏死所形成的脓腔，需要根据患者的病情来配合使用不同的药方，当患者感染上肺脓肿以后，常常会有咳嗽、咳痰等症状出现，部分病情较严重的患者甚至会感到呼吸不畅。需要治疗肺部脓肿的药物，使用敏感的抗生素，一般需要6-8个星期。一些中药具有抑制细菌的作用，可辅助治疗，但是不能用中医的中药来代替抗生素。
对于肺脓肿的病人，在病情稳定的情况下，可以口服抗生素。口服抗厌氧菌的药物有：甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等；还可以选用红霉素等肺部军团菌感染的脓肿，也可以选用阿奇霉素。
阿奇霉素口服的时候，一般都是服用三天，然后停用四天，因为阿奇霉素的药效会持续很久。肺脓肿患者有痰多，可以口服复方甘草合剂、氨溴索口服液等化痰药物。
肺脓肿可用金银花、牛蒡、桔梗、淡竹叶、薄荷等中药治疗。除这些药材外，还可用芦根、薏苡仁、桃、连翘等。这些食物对治疗肺脓肿也很有效。肺脓肿也与咳嗽有关。可以吃一些止咳化痰的食物，如枇杷、梨等。八味痰香丸是一种口服中成药。成分包括檀香、天竺黄、红花、丁香等。规范用药可清肺热，化脓止血。疾病，促进肺部健康的恢复。
肺脓肿的治疗一般需要2-3个星期的时间，肺脓肿是一种急性胸腔感染，特别是肺部的感染，要及早地治疗，肺脓肿要及早发现，早期处理，早期治疗。所以我们只能采用西医的方法来治疗，即通过微创手术的方法来清洗肺脓肿的肺组织和胸腔，然后进行细菌培养和药物敏感试验，其余的可以通过医疗手段进行治疗，避免肺脓肿的感染。
肺脓肿治好不建议喝酒。因为肺部脓肿会导致其感染复发，与身体的免疫力有关，所以在痊愈后最好不要饮酒。如果持续的时间不长，并没有肺脓肿复发的症状，可以适量饮酒，不会对肺部造成严重的伤害，还可以适量饮酒，对身体也有一定的好处。因此，肺脓肿治疗后，早期不宜饮酒，随着时间的流逝，一旦确定肺脓肿已经痊愈，可以少量饮酒。不能过量饮用，尤其是烈性高的白酒。治疗好肺脓肿后，可以多喝一些啤酒和红酒。
