非淋菌性尿道炎通常是好治疗的。
治疗非淋菌性尿道炎可采用抗生素药物和消炎抗感染等药物治疗，还可多吃有清热利尿作用的食品来协助治疗，从而达到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治疗过程中，要注意尿道口干净、卫生，要天天用温水冲洗，不要久坐不动，同时还要保持良好的生活规律才能快速康复。
非淋菌性尿道炎吃清热利湿的中药。
对于非淋球菌性尿道炎，可以服用清热利湿的中药，比如服用三金片等，但对于非连杆菌性尿道炎，单纯用中药并不能彻底根治，可以服用四环素类或者大环内酯类抗生素。平时患者还需要注意个人卫生，避免发生性生活，以免导致交叉感染。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋菌性尿道炎会出现尿道外口有浆液性、透明液体流出，伴有尿频、尿急、尿痛。如果合并有前列腺炎，也可以出现前列腺炎的症状，尿不净、尿等待、睾丸疼痛、会阴部疼痛等表现。
不能自愈。在患有尿道炎，洗澡的时候，可以用热水坐浴的方式去进行，这样能适当减轻尿道的疼痛感觉，也不至于细菌和微生物会随着水流，进入到尿道里面去，加重尿道炎的症状。需多饮水、多排尿。喝水能将尿道处的细菌及时排出，同时还需要注意休息。
