在临床上，可以通过临床表现来确诊偏头疼和三叉神经痛。
偏头疼通常是有前兆的，主要症状是视力的减退，或有散射的闪烁的斑纹，这说明偏头疼的症状，在头疼的时候，可以看到额部和大量的一种波动性头疼，有些病人还会影响到另外一边的头疼。三叉神经痛通常是一边电灼样、针刺样、刀割样的疼痛，这种疼痛通常不会超出中间的位置，通常是一边头疼，一边不会出现头疼症状；也有一些人会出现两侧的头疼，这种头疼会在几分钟到一分钟之间。
偏头痛不属于三叉神经疼痛，三叉神经疼痛属于三叉神经附近的血管病变或者畸形压迫神经组织引起的疼痛。偏头痛与生活压力、内分泌失调等因素有关。偏头痛与三叉神经痛并无明显关系，临床上要注意鉴别，不可混淆，因为治疗方法不同。偏头痛是由于血管收缩和舒张功能紊乱而引起的血管性头痛。临床表现为单侧或双侧搏动性头痛，疼痛持续5-3天左右，伴有恶心呕吐等症状。非甾体类消炎止痛药物是治疗的主要方法。
牙痛会引起头痛的，牙痛是一种常见疾病。其表现为，牙龈红肿、遇冷热刺激痛、面颊部肿胀等。牙痛大多由牙龈炎和牙周炎、龋齿蛀牙或折裂牙而导致牙髓牙神经感染所引起的。
三叉神经痛是三叉神经分布区的短暂发作性闪电样疼痛，三叉神经痛确实会引起头痛和牙痛。不同之处在于牙痛的特点是持续跳动，而三叉神经痛是短期和神经样疼痛，长期疼痛无预警发生，并出现突发性、短期和剧烈疼痛。
神经痛和偏头痛是有不同的。神经痛，又有三叉神经痛，神经痛是分布在三叉神经区域的，具有一阵一阵发作，然后反复性发作的特征，没有任何阳性体征。神经痛常发于在中年的女性。三叉神经每次发作一般都有几秒或者数十秒，一般都不会超过两分钟。而偏头痛是一种反复发作的，在头部一侧或者两侧的搏动性头痛。
一般情况下，牙神经痛引起头痛可以进行根管治疗，具体分析如下：
由于牙神经疼痛导致的头疼，有可能是因为牙髓炎。急性牙髓炎的临床表现为：疼痛常常无法确定，伴有同侧性的放射痛，白天轻者夜间较多。最好是去医院检查一下口腔医生，检查一下是什么造成了牙痛，如果有什么问题，可以通过局部麻醉来进行开髓引流，减轻牙疼，再进行根管治疗，最后再进行修复，如果有必要的话，可以选择用烤瓷冠套来防止出现牙冠断裂。
