甲状腺功能减退的治疗方法是甲状腺激素替代治疗，但在开始治疗前，必须确定这种甲状腺功能减退是否是永久性疾病。亚急性甲状腺炎后甲状腺功能减退一般为短暂减退，无需立即开始治疗。
另外，对于药物性甲状腺功能下降，停药后甲状腺功能逆转，无需立即进行药物替代治疗。对于永久性甲状腺功能减退患者，治疗目标是将血清促甲状腺激素水平维持在正常参考值范围内。治疗药物选择左旋甲状腺素片，治疗起始剂量因人而异。
甲状腺功能低下是指甲状腺激素合成分泌减少，机体造成一个低代谢症候群。
甲状腺激素是维持人体正常代谢的兴奋性激素，甲状腺激素合成分泌减少，机体会出现低代谢综合征，患者记忆力减退，嗜睡，表情模糊，关节酸痛，体重增加，手掌和脚掌泛黄。女性出现月经紊乱，以月经量增加为症状，部分患者甚至出现不孕等。甲状腺激素降低累及心脏时，可能发生心包积液危及生命。甲状腺功能减退症时甲状腺激素水平下降，促甲状腺激素水平上升。
甲状腺功能低下，又称甲状腺功能减退症，是因甲状腺分泌甲状腺激素不足，引起的低代谢临床综合征。甲状腺功能减退的最常见原因是原发性甲减和中枢性甲减，大多数新生儿甲减是原发性甲减。
甲状腺功能减退如不及时治疗，可导致儿童身体智力发育迟缓，甚至发展为呆小症。对于新生儿甲减的患者，治疗越早，康复的概率越高，远期预后也越好。治疗越晚，恢复的概率越低，长期预后也越差。新生儿甲减必须早期诊断、早期治疗、终生服药，甲状腺激素从少量开始，定期随访，尽快恢复甲状腺功能。
甲状腺功能低下大致可以这样吃：
1.应该吃缓解甲状腺功能下降的药。临床用药种类为西药和中药。西药主要选择左甲状腺激素片治疗，这是一种甲状腺激素。中药主要是摄入能补充甲状腺激素的药物。例如昆布、海带、海藻；
2.甲状腺功能低下也可以选择吃食物来缓解。这类食物的选择主要以高蛋白食物为主，包括肉、蛋、牛奶，可以选择富含维生素的新鲜蔬菜和水果。同时，可以多吃紫菜、海鲜、海鱼、海蟹、虾等含碘丰富的食物。
新生儿甲状腺功能低下是能治好。早期治疗预后良好，延迟治疗则有可能出现不可逆的脑损害。应该早期确诊，尽早治疗以避免脑损伤的发生。一旦确诊，应该终身服用甲状腺之类的激素药物，不能中断。
婴儿出现甲状腺功能低下的情况一般是由先天性甲状腺功能不全所引起的。
与此同时，如果女性在怀孕期间患有严重甲状腺激素不足的病症的话，也是会诱发所诞下的婴儿甲状腺功能低下症状的，当然也可能是由家族遗传性甲状腺功能低下引起。但是无论是哪个原因引起的，都需要立即对新生婴儿进行诊治。否则，将来甲状腺功能低下会影响婴儿的智力发育，也会影响婴儿骨骼的发育。
