一般情况下，甲硝唑对胎儿有影响，孕妇禁用甲硝唑。
怀孕初期服用甲硝唑会引起胎儿的异常，特别是引起神经管异常。因此在怀孕期间，要注意避免服用甲硝唑，无论是外用或内服都要避免，以免对孩子造成不良的后果。如果真的要用药，可以在医生的建议下选用不会对孩子造成任何伤害的药物，不要自行决定用药，以免损伤胎儿的身体健康。
在怀孕初期使用了甲硝唑栓会对胎儿产生影响。
在怀孕初期使用了甲硝唑栓会对胎儿的生长发育情况产生一定的影响。若是孕妇使用甲硝唑栓的时间比较短，使用的药量比较小，对胎儿产生的影响可以忽略不计。若是孕妇使用时间比较长，可以会导致产生胎儿流产的可能性，严重者可能会导致胎儿产生畸形的可能性。孕妇在孕期使用需要在医生的指导下用药。
这种药的作用很小，但这种药仍然不安全，所以应该仔细安排。怀孕期间应该预约唐氏筛查和非侵入性筛查。可以在外伤后多休息，检查精神状态是否正常，计算预计分娩日期等。检查排尿频率是否频繁，防止流产风险。
服用甲硝唑后查出怀孕，要对甲硝唑的服用时间、受孕后3周内用药情况、是否完全或不产生影响进行分析，即若胚胎受影响则有自然流产的危险，若妊娠持续存在则说明用药效果不大。
如怀孕后3～8周内用药，则为胚胎畸形敏感期。若所用药物剂量较大，则影响作用更为显着，因此应通过B超监测胎龄，并与给药时间相关性分析判断，猜测胚胎受影响程度或有无不良影响，随后需做好定期检查工作。
通常女性妇科炎症吃甲硝唑的时间需要根据炎症的严重程度。一般而言，服用甲硝唑的时间为7-14天左右。
甲硝唑是一种比较常用的抗菌素，主要针对厌氧菌感染，而妇科炎症中通常是厌氧菌感染引起的，所以吃甲硝唑的治疗作用比较好。但是抗菌素不能吃太久，以免导致菌群失调，诱发真菌感染。吃甲硝唑可能会有恶心、呕吐等不适症状，所以建议饭后。
