根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
先天性低位肛门闭锁是小儿常见的直肠肛门发育畸形。以往对于不合并瘘管的肛门闭锁常规采用原位“X”切开，而对于合并皮肤病或外阴瘘者则多采用肛门后切术或V形肛门成形术进行治疗。
可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合术。先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，或胎便排出延迟，呕吐，腹胀等完全或不完性梗阻表现。
根据MRI的临床分类制定不同的手术方案，对中位无肛常规采用Pena手术后矢状入路，对高位无肛盲端距肛窝距离小于3.5-4.0cm无瘘3.5cm，有瘘4.0cm采用Pena手术，大于此距离采用腹腔镜辅助手术，95-98%的患儿均采用一期手术，充分利用电刺激及纤维外科技术，不仅避免了开腹的巨大创伤,而且保证了新直肠能准确通过括约肌中心，达到了最佳排便功能。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。或肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，不可采用手术方法。只需每天做持续扩肛即可，一般不会有后遗症。
先天性肛门闭锁是先天性消化道畸形的一种，也是最常见的一种畸形。在孩子出生后没有粪便排出，出现腹胀哭闹的情况，此时观察可以发现正常的肛门处没有肛门，对于无肛门的情况一经发现后也没有别的治疗方法，就是尽早的进行手术了。
