有可能是缺钙引起的，家长可以带孩子去当地比较正规的医院做个微量元素的检查，如果缺钙一定要及时补充，平时也要多带孩子外出晒太阳，并且在孩子睡觉的时候，保证有一个安静的环境，睡觉之前一定要提前关灯，让孩子有一个适应的阶段。日常的饮食要清淡为主，不吃辛辣、刺激、生冷性食物，不吃油腻油炸类食物，摄入多的蔬菜水果等维生素含量较高的食物。
一般来说，三个月大的宝宝睡觉摇头有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：如果伴发有湿疹、痱子等，从而引起三个月大的宝宝睡觉摇头的症状，建议家长及时带孩子去医院治疗。
2、缺乏钙：缺钙可能会影响到正常的肌肉或神经功能，从而出现该症状，此时建议家长在医生的指导下选择碳酸钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒等药物给孩子吃。
宝宝有尿是导致宝宝打颤、摇头的主要原因。宝宝摇头、打颤，也有可能是因为缺钙，所以如果出现了枕头，可以适当的补充钙剂和鱼肝油。发烧引起宝宝摇头、打颤，要量体温，发烧时要给予宝宝吃一些退烧的药物，物理降温，多喝温开水。经常打颤、摇头等情况，建议及时到医院儿科就诊，在医生的建议下进行检查，明确诊断后才能进行治疗。
宝宝摇头、抓脸有可能是缺钙的表现。因为缺钙是宝宝的大脑、植物神经兴奋性异常增高，夜间睡觉的时候特别烦躁，易惊醒，就会导致孩子睡觉时不舒服、乱动，可以给孩子补充钙剂及维生素D。另外发现宝宝有睡意时，要尽量把宝宝放到婴儿床上，让宝宝自己入睡，否则，养成抱着睡的习惯，放下就有可能睡不安稳，容易出现蹬腿、抓脸等现象。
出现摇头晃脑的情形有可能是正常的生理现象，如觉得摇头晃脑是件有趣事，可以引起别人注意，或神经肌肉尚未发育完全，所产生的动作，也是由于耳朵不舒服，便会让宝宝想要用摇晃脑来改善，有时脸部的异位性皮炎，湿疹，也可能让宝宝痒的不舒服而摆动头部，或尝试把脸拿去磨擦东西。
