胚胎停止发育的原因是比较多的，比如孕妇自身的因素、子宫发育畸形或者是免疫力低下、某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药、或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。多数情况和染色体发育异常，有一定的关系。
早期的胚胎停止发育，多数是胚胎本身的问题，属于自然淘汰的过程。如果只发生1次胚胎停止发育，一般不作过多处理。对于2次或者2次以上的胚胎停止发育，需要寻找原因，比如夫妻双方染色体异常，导致胎儿染色体异常，母体封闭抗体缺失——母体中胎儿保护性抗体缺失，母体抗心磷脂抗体(+)，导致微小血栓形成后胚胎供血异常等。
胚胎停止发育原因有许多，胚胎停止发育的原因是比较多的，胚胎的因素，如果在怀孕早期出现胚胎停止发育，有50%—60%是由于胎儿的染色体发育异常，也是一种自然淘汰的方法，这种胎儿是不会发育成正常孩子的，在怀孕早期就自然流产了首先在怀孕早期受到一个外力的作用，有毒物的接触，还有就是，精子卵子形成的胚胎本身，发育不良，没有产生足够的雌孕激素和绒毛膜促性腺激素来维持这排正常的，发育，还有就是，由于其他的疾病的问题，比如子宫腔容量不够有，子宫纵隔，或者是子宫内膜息肉，或者是子宫肌瘤，还有就是患有某种疾病，技术水平的问题，甲状腺功能的障碍，还有免疫抗体的问题都会引起，胚胎停止发育，还有染色体异常。
怀孕后引起胚胎停止发育的原因有很多，有可能胚胎自身有问题，另外卵子的质量有问题，或者是外界的环境以及夫妻染色体有没有问题，所以需要逐项排查的，在临床上原因是很难确定的。
胚胎停育是指在孕十二周前胚胎在某些因素的影响下导致发育停止。大部分的胚胎停育是染色体问题导致的，男性精子活力差、畸形精子率高也可导致胚胎停育，子宫畸形也会引起胚胎发育不良。
彩超提示胚胎停止发育，说明胚胎已经死了，没有活性，是不能救的。一旦彩超提示胚胎停止发育，就要及时行清宫手术。如果不及时的清宫，可能会导致宫腔感染、凝血功能障碍，就会导致流产的时候出血多。胚胎停止发育的原因有很多，单纯一次的胚胎停止发育说明不了什么问题，如果胚胎停止发育2次或2次以上，在下次怀孕之前，就要做相应的孕前检查。
