临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
引起阴茎短小的原因一般有5种：1、营养没跟上2、肥胖的因素3、阴茎的大小也受温度4、男性包皮过长是常见的现象5、性生活不规律如：过度的手淫也会导致男性阴茎短小的原因，如果男性过度的手淫，就会使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成男性阴茎短小。
阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参，另外包皮过长、肥胖也是阴茎短小病因，如果有包皮过长割掉包皮，肥胖必须减肥，对发育期阴茎发育有好处。
阴茎短小早泄可以通过手术治疗。阴茎勃起的长度大于三厘米，就属于正常的范围之内。大部分的人都属于正常的，早泄服用一些中药，也可以用一些降低龟头敏感度的药物，饮食上可以吃一些补肾的食物。
遗传，男性的阴茎就跟身体其他的器官一样，其大小还有形态特点等都会受到遗传基因的控制跟影响。肥胖，一些耻骨联合部、还有会阴部脂肪比较丰满突出的男性，往往阴茎部位的发育也不是很好。
阴茎短小满脸痘，可以考虑以下疾病：尖锐湿疣，或者是毛囊炎。如果有性生活史，阴茎上长了小痘痘，要考虑是否是疱疹，如果没有性生活史，考虑毛囊炎症，可以先清洁之后碘伏消毒，观察两天。
