少数肛周脓肿可以热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗的，平时保持肛门清洁，还有要多食果蔬，矫正便秘，多吃燕麦、糙米等富含膳食纤维的食物，注意少吃油炸、熏烤、味香、肥美的油腻食品的。
引起肛周脓肿的主要原因就是局部的感染，肛裂，痔疮，肛窦炎，肛门周围的皮肤毛囊，汗腺炎和肛门周围的皮肤病均可能形成肛门直肠脓肿。抵抗力低，也可能造成病菌入侵，导致患上肛周脓肿。平时的饮食作息也是导致肛周脓肿的重要原因之一。
肛周脓肿除了手术切开引流外，口服抗生素，消炎药，保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止饮用，多吃清淡食物，注意肛门卫生。
治疗肛周脓肿治疗要两个疗程第一要手术配合抗菌消炎，二者缺一不可。单纯抗菌效果差，也不能治疗，单纯手术，愈合慢。所以二者必须结合。肛周脓肿的手术分两种，对脓肿范围较广，一时难以确定内口，或合并严重内科疾病，或身体虚弱，不能耐受术，可以采取切开引流术，否则就可以采取切开。切开术针对具体病情，由切开挂线术等压引流术。
在肛周脓肿发病阶段，尽量还是要以休息为主，尽量不要过度的活动。因为在活动的时候，会导致肛门脓肿处周围组织的活动，容易导致脓肿面积的扩散。一旦发生脓肿，一般药物治疗效果不是很明显，还是需要手术切开引流的。如果合并肛瘘，需要把肛瘘一块手术了，不然以后还是容易复发。