目前，肾囊肿还没有好的特殊治疗方法。如果囊肿相对较小，囊肿的大小只能在任何时候通过观察来检查。如果囊肿相对较大，那么就需要手术。这个肾囊肿不经治疗是无法恢复的。平时，应注意饮食，控制囊肿的发展。
肾囊肿是不能自行消失的，少数患者有囊肿复发可能。肾囊肿是很常见的疾病，它的发生是由于基因的突变导致的，一般是属于良性的，少数的囊肿是有增大、恶变的可能，需要特别的注意。
肾囊肿不管中药还是西药，靠药物是没有很好的效果的，由于单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。如果囊肿巨大，直径超过10cm则可能需要手术治疗。
所有的药物治疗肾囊肿都是没有价值，没有效果的。对于肾囊肿，它是一种肾小管囊性扩张，这部分扩张的肾小管逐步独立就形成囊肿。囊壁有分泌功能，所以囊肿就会逐步增大。囊肿的分泌功能强，囊肿发展的就快。基于这种原因，药物不可能抑制囊壁进一步的分泌功能，所以药物治疗是无效的，所以不能使用。
肾囊肿多属于良性的肿瘤，一般是不会发生癌变的，但是并不能完全的排除发生癌变的可能性，由于肾囊肿如果是不断的增大，可能会对该器官周围的细胞持续性不断的压迫，最终导致该器官的功能异常。
