最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。
肛周囊肿治疗方法临床研究发现，不管是早期病人还是晚期病人，都需要进行手术治疗，因为只有极少数的病人能够通过保守治疗治好的，所以肛周脓肿的首要治疗方法就是切开引流。
当肾脏的囊肿在4cm以上、8cm以内时，这种大小的囊肿采用穿刺注射硬化剂进行治疗。如果囊肿较大，囊肿的直径大于8cm，并且对周围脏器压迫比较明显，考虑行腹腔镜肾囊肿去顶减压手术来解除囊肿对周围组织的压迫。
也可以用艾灸的方法缓解，宫颈囊肿只是慢性宫颈炎的表现之一，一般没有临床症状，是不需要治疗的，除非还伴有宫颈糜烂、白带异常、腹痛等情况，其实也没有好办法治疗单纯的宫颈囊肿，药物治疗没有作用。症状应该是附件炎或者盆腔炎，与宫颈囊肿没有关系。注意休息，可以口服消炎药进行治疗。定期复查。
前列腺囊肿的症状和诊断前列腺囊肿可并发感染及结石，较大的囊肿当其生长压向尿道或膀胱颈时，可使尿流受阻。常见症状有尿急、尿频、排尿费力、尿线细、排尿困难及尿潴留等；压向直肠时可引起排便困难。囊肿较大时直肠指检于前列腺部触及囊肿，尿道造影可见后尿道有弧形压迹，超声与CT可明确其位置。
肾囊肿可以采取手术治疗的方法，并且要尽早的进行手术，可以取得更好的效果。手术可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。手术之前需要进行详细的检查，一般采用X线造影、肾脏B型超声检查或者CT检查为主。
