软腭裂手术的成功率是百分之八十，新生儿的组织单薄，机体抵抗力低，经不起手术打击，所以不主张此时手术。最好的时机是6-9个月，此时有一定抵抗力，门齿已萌出，及时手术还可避免上门齿外突畸形。事实证明术后恢复也快。腭裂手术时间要再晚些，为病儿口腔太小时手术进行困难，但最好不得迟于5岁。
腭裂是最常见的先天性畸形，也是先天性畸形的治疗效果比较好的。如果发现早期手术修复和治疗能像正常人一样大大改善容貌，语言和发音功能明显改善，并能像正常人一样学习、生活和工作。治疗的比较好的时间是在学会说话之前。
唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
家长要保证患儿的营养和正常发育，避免呼吸道感染，以使患儿在全身健康状态下接受手术。若新生儿的裂隙很宽，或双侧唇裂者前颌高耸，家长需要尽早与医院联系，医生可根据情况给予必要的指导，或提前采取一定的措施以利于手术的进行。
腭裂瘢痕可以祛除的，如果是疤痕体质不可以去除的，如果是手术遗留的疤痕是可以的。治疗的方法一般是需要通过激光的方法治疗，还可以外用疤痕膏的方法涂抹治疗。要结合自己疤痕的程度选择治疗方法。使用激光祛疤痕的结果显著。对于细小的疤痕，祛疤彻底，几乎看不到任何印迹，激光祛疤没有副作用，且只对病变的位置皮肤进行处理。
唇腭裂多是基因遗传性疾病，也有的是妊娠早期病毒感染、饮酒、药物及放射线引起的基因突变导致的。等宝宝大点可以采取手术的治疗方式，术后多休息，使用一些消炎药，预防消炎，伤口定期用消毒液消毒，不会影响美观的。
