小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
饮食不当是造成婴儿腹泻的主要原因，预防腹泻首先要合理安排宝宝的饮食。牛奶的温度、浓度要合适。添加辅助食物应遵循从简单到复杂，从少到多，循序渐进的原则。每添加一种辅食，都要观察一段时间，再更换或增加另一-种食物，让宝宝的消化能力慢慢适应。喝太多果汁或含糖饮料也可能会使宝宝肚子不舒服，大便变稀。
宝宝腹泻，主要是饮食调节为主，年长儿可以吃稀点儿的米粥，面条，咸菜，适当多喝水。母乳喂养的婴儿，需要停辅食，继续母乳喂养，妈妈不能吃油腻的，刺激性的，凉东西。人工喂养的宝宝可以换成腹泻奶粉继续喂养。
