人体一般无明显的危害。如有幽闭恐惧症，进行核磁共振检查时，可能会出现恐惧和躁动，可能造成危害；由于核磁共振机器会产生巨大噪声，尤为进行梯度切换时，如听力非常敏感的患者进行核磁共振检查，可能会造成心理影响。
小孩能做核磁共振。儿童如果在疾病的时候，要做到影像学的检查，是可以做磁共振的，因为磁共振是没有辐射的，但是因为磁共振做的时间比较长，需要小孩的配合，保持检查部位不动。
核磁共振没有电离辐射，对人体健康是没有危害的。主要可能存在一些风险，一个是核磁共振机器运转时会产生明显噪音，而且检查时孩子需要一个人躺在一个相对封闭的空间，会出现恐慌的情绪，长时间处在这样的环境下，噪音会引起耳鸣等不适，只要用棉球塞住耳朵，耐心安抚孩子情绪。
不用紧张。这通常是没有什么危害的。核磁共振检查与X线检查和CT检查不同，这个检查不是放射线检查。不接受射线辐射的。并且做的增强核磁共振检查只是静脉内推注一些显影剂，让细节对比更清晰一些而已。这些显影剂用不了多久就代谢完了。如果不过敏，如果肾功能是正常的，通常没有什么危害的。
胸部核磁共振在胸部主要用来检查肋骨、脊柱。了解肋骨是否存在骨损伤，是否存在肋骨骨折，若存在肋骨骨折，可了解是陈旧性肋骨骨折或者是新鲜肋骨骨折；了解脊柱是否存在压缩性骨折及骨折的情况，还有是否存在脊髓损伤。胸核磁共振在肺部的应用很少，因肺多为含气囊腔，都用CT检查，核磁共振对肺部的检查效果不佳。核磁共振还可以用于纵隔脏器的检查。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
