小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
肠道内感染，可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。肠道外感染，有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。
宝宝拉肚子可以吃改善肠胃的功能的药，比如吃改善菌群失调的药物。也可以用中医中药来调理宝宝的肠胃。腹泻食用营养价值高而易于消化的食品且又不会刺激肠胃的食品。病期忌食鱼和肉，且需要把食品加工成柔软食物后方可食用。为了不刺激肠，孩子应避免食用含纤维多的蔬菜以及易在肠内发酵的大豆和栗子等。另外，也应避免食用过热或过冷的饮料及水分多的水果。
吃了辣的腹泻一般可以进行药物治疗，也需要保持清淡饮食。
食用辛辣的食物会对肠道粘膜造成一定的影响，可以选择一些比较常见的药物，比如：奥美拉唑、黄连素等。平时可以多喝点粥或者是清淡的东西，尽量不要食用生凉、刺激的食品。如果是因为脾胃运化功能不好，可以口服藿香正气口服液、健脾丸等中成药。需要及时去医院的消化科做好相关的检查。
