通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
心脏移植主要适用于周末性心脏病，以及无法用于目前手术方法的复杂性心病，还有就是其他治疗。其他治疗主要是介入治疗部分代替，还不能完全代替外科手术的开胸手术，并且也有严格的适应症，比如球囊扩张，解除血管引起瓣膜的狭窄，主动脉狭窄，肺动脉瓣儿狭窄，主脉缩窄等。
小儿疝气是先天性的，它是因为先天性的解剖结构鞘状突在出生以后没有闭塞，在腹股沟区遗留一个通道。
在腹压增加的诱发因素下，腹腔内、盆腔内的脏器比如说肠管、卵巢、子宫等通过这个通道由腹腔或者盆腔下降到腹股沟区或者阴囊内，形成一个质软的、可回纳的包块。小儿疝气往往不能自行愈合。保守治疗没有明显的效果，需要手术治疗。
可以坐浴，采取手术治疗，以手术修补缺损，消灭薄弱区。脱肛是因直肠前壁、直肠阴道间隔和阴道后壁薄弱，向前突入阴道穹隆，改变了排便时腹内压作用的方向，导致排便过程中出来直肠肛管功能性梗阻，并由此引起排便困难和便秘等症状。
在治疗之前一定要明确诊断。只有明确了癫痫的发病原因，才能进行针对性的治疗，取得显着疗效。假若诊断不确切，就不应仓促进行治疗，结果非但原有的疾病没有治好，反而使病情加重。
