肛瘘一般药物的治疗效果不是很好，可以手术治疗，可以去三甲以上的医院根据肛瘘的类型选择手术的方法。手术后可以口服消炎药物治疗。每天用生理盐水清洗肛门，外涂点大环内酯类消炎药膏治疗。
如果患有肛瘘，就需要进行手术治疗，如果不做手术，肛瘘会反复发作，容易影响肛门括约肌，导致括约肌纤维化，影响肛门功能，而且据临床报道，肛瘘有一定的几率会发生癌变。
目前的诊断是肛瘘。肛瘘发生的主要原因是急性肛周脓肿未得到及时有效的治疗，已转化为慢性感染，形成瘘。将遭受肛周区域周围反复潮湿瘙痒分泌物的折磨。体检显示有明显的瘘管和分泌物挤出。浅表肛瘘可以切除缝合。高位复杂性肛瘘应采用挂线疗法。
外用药物慢慢是可以起到缓解的，如果已经出现肛瘘了，那必须通过手术来治疗，而且平时需要养成定时排便的习惯，避免吃辛辣刺激性的食物肛瘘是需要通过手术来治疗的，因为他单纯外用药都不能治疗，他不像是痔疮或者肛裂。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
