需要给宝宝应用抗生素类的药物治疗，同时口服相关药物保护胃肠粘膜，防止毒素入侵肠粘膜组织、加重肠道损害。在饮食上，要注意食入清淡、容易消化的食物，少食多餐，补充营养，提高机体免疫功能。
宝宝消化不良可以服用一些助消化的食物，配合辅食一起吃有利于肠道蠕动。另外宝宝的食物尽量选择软糯的，不要太硬或太难消化。在进食后可以把宝宝抱起来，轻轻拍一拍后背，帮助消化。
通常情况下，消化不良会腹泻，主要的胃酸分泌不足，食物难以吸收导致的。具体情况分析如下：
胃粘膜分泌的不仅仅是胃酸，还有大量的蛋白酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。如果是消化不良，胃粘膜的某些功能受损，可能会导致胃酸和酶的分泌不足，导致食物无法被小肠吸收，从而引发腹泻。另外，如果是因为肠胃炎的原因，也可能会导致消化不良、拉肚子。
宝宝消化不良的时候有时会出现腹泻拉肚子的症状，这时不要随便给孩子吃止泻药，药物对孩子可能会产生不良影响，这时更注重的应该是调养方法。覆盖宝宝的腹泻情况不是很严重，父母可以适当给宝宝的肚子进行按摩，逆时针揉揉肚脐，这对腹泻有缓解的作用。
小儿消化不良腹泻和肠道菌群失调或饮食不当造成的，控制饮食，不能吃零食，也不能感冒和暴饮暴食。可以测试大便常规并采取益生菌对症治疗。婴儿可以服用活双歧杆菌制剂或乳杆菌颗粒进行对症治疗。
婴儿消化不良腹泻可以给孩子吃一点肠道微生态制剂进行调理，还每天可以把双手搓热放到宝宝肚脐的位置，顺时针按摩，每次十下左右，每天3-5次。在饮食上要注意少量多次喂水，避免孩子出现脱水，避免吃油腻、生冷的食物。
