肠虫清的用法用量也是有不同的，成人常用量如是蛔虫及蛲虫病，一次服用400mg，顿服。如果是钩虫病，或者是鞭虫病，1次服用400mg，一天2次，连续服用3天。厄如果是旋毛虫病，服用400mg，一天2次，连续服用7天。
肠虫清口服，2岁以上儿童及成人2片，2岁以上儿童单纯蛲虫、单纯轻度蛔虫感染每次1片。仅服一次。药片需用水送服。有些人，特别是小儿，药片完整吞服可能有困难，可以将药片压碎或嚼碎，并用少量水服用。
主观感觉不能作为确诊的依据的，所以不一定就是还有寄生虫感染，滥用药物容易导致抗药性的，到正规医院查一下虫卵检查，确定是不是还有感染，以便及时治疗，也有可能是因为肠胃功能紊乱导致的可以服用肠道益生菌，注意多喝水。
肠虫清的剂量却规定是两岁以上的儿童都一次服两片。这是因为肠虫清口服后有95％不被人体吸收，24小时内即随粪便排出体外。被吸收的5％会在肝脏内通过代谢后杀灭组织内的幼虫、肠道内的成虫和虫卵，并在48小时内随尿液排出体外。由此可知，肠虫清是一种吸收少、不易在体内蓄积的药物。应用时，往往采用单剂量一次顿服，不需要按体重计算剂量，成人与两岁以上的小儿剂量一样。
肠虫清是吞服还是嚼碎效果都是一样的。肠虫清属于一种广谱的驱虫新药，具有杀虫谱广泛，杀虫作用强的特点。尤其是对线虫、血吸虫、绦虫有高度活性，同时，对虫卵发育有较强的抑制作用。本药的服药时间和方法：在空腹服药比较好，因为空腹时候服药吸收最好，药物在肠道内的浓度会更高一些，因此药效发挥最好。另外，因为蛲虫病自身容易重复感染，所以在治疗两周后应该重复治疗一次。建议吃完肠虫清后多吃一些新鲜水果，少吃油腻食物，以更好的提高疗效。
这种中药不适合和难消化的食物一起吃，会加重肠胃负担，引起不适。这种药用来煮粥祛湿效果明显，煮粥之前可以把打碎更容易吸收。还可以和莲子，茯苓，淮山药一起做豆浆喝，祛湿效果同样明显。
