胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
先兆流产原因男方可以查染色体、染色体断裂率、精子DNA完整率、精液分析、抗精子抗体、优生四项、支原体、衣原体、血型等。女方要查：染色体、染色体断裂率、优生四项、免疫、支原体、衣原体、内分泌六项、白带常规、封闭抗体、血型等。
首先是胚胎因素染色体的异常，是早期流产的主要原因。其次是母体因素，母亲本身有一些基础性的疾病。最后黄体功能不足，因为孕酮低，导致先兆流产的发生。妊娠期间如有先兆流产征象，应及时就诊。
先兆流产原因：孕妇方面：包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等，孕妇感染性疾病，毒性物质接触及生殖道畸形如双子宫，子宫肌瘤等均易导致先兆流产。胎儿方面的因素：则最突出的是受精卵的染色体异常，父体或母体生殖细胞不健全是主要原因，其他原因如脐带供氧不足，羊水疾病，胎盘病毒感染以及某些妇科炎症等，也会引起流产。外环境因素：不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
产生先兆流产的原因可能是孕妇患有全身性疾病，如严重感染、严重贫血、糖尿病、严重贫血。或孕妇生殖器官异常，如子宫畸形、子宫腺肌瘤、宫腔黏连。或内分泌异常，如黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退。或孕妇过量吸烟、酗酒，过度饮咖啡等不良习惯有关。
出现先兆流产的现象，可能是因为子宫出现了明显的疾病症状，导致胎儿在发育的过程中越来越大，受到的挤压也会越来越明显。如果到了一定程度，子宫的面积已经无法扩张，就会影响胎儿发育，导致胎停或者是先兆流产的表现。
